RNA ez-kodetzaile luzeak (lncRNAk) etxabereetan: RNA-seq datuetan oinarritutako analisi transkriptomikoa ardian

Abstract

RNA ez-kodetzaile luzeak (lncRNAk), proteinak kodetzen ez dituzten eta 200 nukleotido baino luzeagoak diren transkriptoak, oso gutxi ikertu dira etxabereetan gizakiarekin konparatuz, eta oso mugatua da espezie batetik bestera eratorri daitekeen gene hauen egitura edo funtzioari buruzko informazioa. RNA-seq datu-multzo bat baliatuz ardien lncRNAk identifikatu, kontserbazioa aztertu eta aluminiodun txertoen aurrean erakusten duten jokaera aztertu dugu. Bi ehun desberdinetan fidagarritzat eman dira 2284 eta 3004 lncRNA transkripto. Horietako batzuk posizio genomikoa mantendu dute gertuko espezieekiko, sekuentzia mailako kontserbazio maila altua transkripto gutxitan ikusi bada ere. Gainera, diferentzialki adierazita daude hainbat lncRNA aluminiodun txertoak jaso zituzten animalietan. Analisi gehiago beharrezkoak dira mRNA eta miRNA geneekin dituzten erlazioak argitzeko.

Long non-coding RNAs (lncRNAs), transcripts without coding capability and longer than 200 nucleotides, have been poorly studied in livestock comparing with other mayor model organisms, and the information about structure and function that can be inferred from other species is limited. Using a sheep RNA-seq dataset we identified, performed conservation analyses and profiled the response to aluminium adjuvants of lncRNAs. 2284 and 3004 transcripts have been confidently classified as lncRNAs. Some of them show conserved genomic position relative to close species, even if few had a high level of sequence conservation. Besides, several lncRNAs are differentially expressed in animals that received aluminium-containing vaccines. More analyses are needed to shed light on the relations with mRNAs and miRNAs.